层析柱上样量的确定主要由柱体积和所使用填料的载量来决定。
1. 柱体积（CV）：指的是层析柱中装填的填料的总体积，这可以通过层析柱的截面积及填料装填的高度来计算得到。
2. 载量：填料在一定条件下结合目的分子的能力，这分为静态载量和动态载量。静态载量（有效载量）是在一定的条件下，可以结合在层析填料上的真实样品的数量。这个数值是通过使用真实的样品和介质充分浸润饱和后，测定结合在填料上的样品总量得到的。这个数值会受到pH、离子强度、添加剂以及样品等因素的影响，实验条件改变，有效结合载量也会变化。动态载量则是在一定的运行条件下，可以结合在层析柱上的样品数量。除了pH、离子强度、添加剂以及样品，运行流速也会影响动态结合载量。一般来说，流速越低，动态结合载量越高。如果流速接近于零，动态结合载量等于有效载量。
在实际操作中，可以根据填料的动态载量来确定上样量。对于凝胶过滤层析，上样量通常在柱床体积的5%以内，根据样品的性质在0.5%\~5%之间适当调整。对于离子交换/疏水层析，在捕获及粗纯阶段，上样量建议控制在柱吸附量（填料载量×柱床体积）的30%左右，最高不超过50%；在精纯阶段，上样量建议在柱吸附量的60%左右，最高不超过80%。
